Los experimentos que se pueden realizar en SMS, requieren cierta planificación, en dos aspectos. El primero sería el identificad las muestras que son supceptibles de poder ser medidas, ya que deben de cumplir ciertos requisitos, en cuanto a su geometria, conductividad, estado y presión de vapor. De esta manera podremos determinar cual o cuales son las técnicas y los recursos que debemos utilizar para la realización de los experimentos.

Los objetivos de cada experimento pueden ser distintos y la mayoria de las veces están o ván mas lejos que los resultados de una técnica en concreto pueda determinar, por lo que la manera de afrontar dichos experimentos exige de un cuidadoso ciclo de exposición frente a diversas sondas (radiaciones). Normalmente la muestra a estudio pasara por radiaciones de menos "dañinas" a más dañinas, siendo en algunos casos llevada fuera de la atmosfera de ultra alto vacío, para ser estudiada por infrarojo o por AFM.